Сделали скрипт для изменения конфига после загрузки.
Одно неудобство - при перезагрузке файл сервера скрипт приходится запускать вручную. Все попытки вставить конфиг в автозагрузку, переписать конфиг в процессе загрузки, изменить параметры - оказались бесполезны, так как заводская конфигурация самбы при перезагрузе восстанавливает все настройки по умолчанию.
Производители тоже не помогли, ответили типа раз сами такие умные, то поддерживать вас не будем.
Но в общем-то проблему мы решили.