если в безоп режиме ок, можно попробовать в msconfig поставить диагностический запуск и включать службы до появления тормозов
например включил 20 служб - перезагрузка -если тормоза то отключаешь половину и проверяешь, если нет то включаешь еще 20, так быстрее чем по одной включать и перезагружать.
системные логи из просмотра событий?
режим работы контроллера на котором висит винт (а то бывает что после нескольких ошибок винда переводит его в PIO режим)
а лучше начинать - какой диск с виндой(оригинал, сборка, sp2-sp3), какие драйвера, утилиты и тп.