Тема конечно старая, но свою лепту тоже внесу может кому то пригодится. Оттолкнемся от сетевых карт и вставим обычную флешку не самую медленную и по очередности то на одном аппарате то на другом потаскаем файлы проверяя скорость чтения и записи на портах, если разнится лезем в биос и смотрим, что у нас в плане настроек юсб портов в плане аппаратного ускорения, но перед этим проверьте релиз биоса, стоит для начала обновить - проверить настройки, обновить дрова на чипсет и опять произвести замер скорости. Желаю вам удачи.
Большое спасибо за совет. Оказывается новый биос вышел в мае + появился линусковый апдейт на чипсет, а я к тому времени уже забил на проблему т.к. адекватного решения найдено не было. Попробую в ближайшее время, надеюсь сработает.