а в управлении дисками или в partition magic например, что показывается?
в идеале у тебя должна быть одна партиция на которой стоит ситема со свойствами primary и active
и возможно вторая, (если диск разбивался на логические)со свойствами logical и active
советую слить инфу на другой диск, командой delete удалить диски, а затем создать их заново , при этом удаляется и загрузочная запись, и криво созданные разделы.
кстати при запуске partition magic проверяет диск на бэды.При необходимости можно их пофиксить, чтобы диск не обращался к ним.